Ko potopna črpalka za gnojevko deluje, je treba črpalko postaviti na kopno, sesalno cev postaviti v vodo in zagnati črpalko. Zaradi strukturnih omejitev črpalke za blato in potopljene črpalke za gnojevko je treba motor med delovanjem postaviti na vodno površino, črpalko pa pritrditi, sicer bo motor odpadel, če pade v vodo. Poleg tega, ker je dolžina dolge gredi na splošno določena, je namestitev in uporaba črpalke težavna, pri uporabi pa so potrebne številne omejitve.
Če obstaja rezervna črpalka, se lahko dve črpalki uporabljata po vrsti. Če je črpalka obtičala, jo je mogoče le popraviti. Na dovodu vode lahko dodate mrežo, da preprečite vdor preveč nečistoč v črpalko, zato bo verjetnost, da se črpalka zlepi, veliko manjša. Črpalko je treba razdeliti na dva vidika: elektriko in stroj. Za stroj lahko primerjate prejšnje zapise o vzdrževanju. Drugi je električni vidik. Morali bi razumeti moč vsakega motorja črpalke in razumeti njegov krmilni sistem.
Črpalka za gnojevko z mehanskim tesnilom mora zagotoviti dovod vode iz tesnila gredi. Strogo prepovedano je delovati brez vode, sicer se mehansko tesnilo opeče. Pri delu v različnih položajih je navpična črpalka za gnojevko delno potopljena v jamo in je ni mogoče popolnoma potopiti v nivo tekočine, potopno črpalko za gnojevko pa lahko popolnoma potopimo pod nivo tekočine.
Motor navpične črpalke za gnojevko lahko uporablja navaden navpični motor brez vodotesnosti, medtem ko sta gred motorja in gred črpalke potopne gnojevke koaksialni, motor mora biti vodotesen in zaprt, motor in črpalko pa lahko potopite v tekočino pri istočasno. V praksi se potopna črpalka za gnojevko hitro razvija s svojimi edinstvenimi prednostmi. Navpična črpalka za gnojevko med uporabo potrebuje fiksno namestitev, medtem ko se potopna črpalka za gnojevko lahko uporablja brez neposrednega potapljanja, kar je priročno in prilagodljivo.