Črpalka globokih vodnjakov je v glavnem sestavljena iz treh delov: zgornji del je elektromotor, srednji del je cev za dovod vode in spodnji del prenosne gredi je delovni del črpalke globokih vodnjakov, ki je potopljen pod dobro površino.
Črpalke za globoke vrtine lahko razdelimo na segmentirane večstopenjske vertikalne centrifugalne črpalke. Glede na strukturne značilnosti črpalk za globinske vrtine sta pravilna uporaba in pravočasno odpravljanje težav ključnega pomena za zagotavljanje varnega delovanja črpalk za globinske vrtine in podaljšanje njihove življenjske dobe.
Pred zagonom črpalke za globok vodnjak je treba sesalno cev in črpalko napolniti s tekočino. Po vklopu črpalke se rotor vrti z veliko hitrostjo, tekočina v notranjosti pa se vrti skupaj z rezili. Pod delovanjem centrifugalne sile odleti od rotorja in se izvrže navzven. Izmetena tekočina se postopoma upočasni v difuzijski komori ohišja črpalke, poveča tlak in nato izteče iz izstopne odprtine črpalke in izpustne cevi.
V tem času se na sredini rezila oblikuje vakuumsko območje nizkega tlaka zaradi tekočine, ki jo vrže v okolico, ki nima ne zraka ne tekočine. Tekočina v bazenu za tekočino teče v črpalko skozi sesalno cev pod vplivom atmosferskega tlaka na površino bazena. Tekočina se nenehno sesa iz rezervoarja tekočine in nenehno izteka iz izpustne cevi.